امام با این جریانات فکری که برخی از آنها اساس اسلام را تهدید می‌کرد، مبارزة سختی را در دو جبهه آغاز کردند. در جبهة اول مستقیماً با این انحرافات، رو در رو شدند و مبارزه کردند.
در جبهة دوم مدرسه‌ای تأسیس کردند و در آن‌جا شاگردانی تربیت کردند تا بتوانند در اسلام فراتر از سلطه و سلطنت را به مردم معرفی کنند . از این مدرسة عظیم بسیاری بهره بردند.
افرادی مثل هشام بن‌حکم، هشام بن‌سالم، مومن الطاق و دیگران مناظرات بسیاری انجام دادند. بعضی از جریانات فکری انحرافی که امام مستقیماً با آنها روبرو بود، خارج از تفکر شیعه بود و بعضی در داخل تفکر شیعی بود. در خارج از تفکر شیعی گروه‌هایی مانند معتزله، مرجئه و خوارج بیشتر نامبردار بودند.
معتزله
معتزله که بنیان گذار آن عمر‌بن‌عبید یا واصل‌بن‌عطا است، جریان فکری‌ای بود که از تفکرات فلسفه یونان چیزهایی را اقتباس کردند و می‌خواستند آنها را با شرع اسلام تطبیق دهند. امام با این اندیشه مبارزه کرد.
امام صادق(ع) و شاگردانش با معتزله مناظراتی دارند که در کتاب‌های تاریخ و سیره ذکر شده است.
مرجئه
از این فرقه اینک اثری نیست و نابود شده است. این فرقه در زمان امام صادق(ع) حضور فعالی داشتند.
به باور این فرقه، ایمان عبارت است از اعتقاد قلبی، و عمل لازمة ایمان نیست. انسان وقتی به وجود خدا و نبوّت پیامبر(ص) ایمان پیدا کرد کافی است و همین موجب نجات است؛ چه عمل کند و چه نکند. بنا براین عقیده، کسانی که اهل عمل نباشند، گناهکار و فاسق‌اند؛ حساب این‌ها با خدا است و دیگران نمی توانند در باره آنان بد بگویند. کار آنها را باید به خدا وا‌گذار کرد.
مرجئه دشمن شیعه و علی(ع) بودند. دشمنی آنها تا حدی بود که جاحظ در «البیان و التبیین» شعری از یک شاعر شیعه در بارة مرجئه نقل می‌کند. با خواندن این شعر معلوم می‌شود که مرجئه چه‌قدر با علی(ع) دشمنی داشته است. شاعر شیعی می‌گوید: «اگر می‌خواهی که یک مرجئی قبل از آن که زمان مرگش فرا رسیده باشد، بمیرد نام علی(ع) را پیش او بیاور و بر پیامبر و آل او صلوات بفرست.»
خوارج
خوارج در زمان امام صادق(ع) بیشتر درگیر فعالیت‌های سیاسی بودند و علیه حکومت‌ها قیام می‌کردند. شیخ مفید در « الفصول المختاره» مناظره‌ای را میان هشام بن‌حکم با عبدالله بن اباض که از سران خوارج بود، نقل می‌کند.
فرقه اباضیه فکر خارجی‌گری معتدل شده‌ای دارد. خوارج فرقه‌های متفاوتی داشتند که تندرو‌‌ترین آنها «نجدات» بود و معتدل‌ترین‌شان «اباضیه». اباضیه تنها فرقه‌ای از خوارج است که تا‌کنون باقی مانده است و فرقه‌های دیگر همگی از میان رفته‌اند.
غلات
در درون تفکر شیعی در دوران امام صادق(ع) انحرافی به وجود آمده بود که از درون شیعه را تهدید می‌کرد : غلو و غالی‌گری بعد از علی(ع) پدید آمد و در زمان امام صادق به اوج خود رسید.
در زمان امام صادق در درون مکتب تشیع غلات، بی شمار شدند . موضوع غلو این فرقه معمولاً جایگاه و شخصیت ائمه(ع) بود. برای نمونه در باب امام صادق و امام باقر(ع) غلو می‌کردند و آنان را تا سر حد الوهیت بالا می‌بردند.
غلات هم مثل مرجئه جریان لاابالی‌گری و اباحه‌گری را ترویج می‌کردند و می‌گفتند اگر محب اهل‌بیت باشیم دیگر عمل لازم نیست. امام صادق(ع) با غلات به سختی و صراحت مبارزه می‌کردند؛ سخت‌تر از مبارزه با معتزله و خوارج و حتی سخت‌تر از مبارزه با زندیقان.
